I believe this to be a bug with Avogadro
Avogadro version:
Avogardro 1.99
Operating system and version:
windows PRO 10 22H2
should work
does not show up at start up
install and try to start
Please upload files if appropriate here (or via file-sharing service like Dropbox or Pastebin)
nothing to upload
Can you please try a nightly build from https://two.avgogadro.cc/ instead? There have been a few fixes in the meantime.
If a nightly build doesn’t work, can you look in your Documents directory for a file called avogadro2.log and post it?
Thanks
the link does not work.
Sincerely
thomas WIllms
Serves me right for typing on my phone https://two.avogadro.cc
Thanks, I didn’t saw the error either…
The nightly build does not run either.
Is ORCA supported?
Sincerely
Thomas
One more question:
Is it not possible to download the 1.98 or 1.97 version?
I would like to try those in case that 1.99 has a bug which was not here before.
Sincerely
Thomas
Can you please post the avogadro2.log file, please?
You should install Python for the ORCA input generator.
Sure, they’re available on Releases · OpenChemistry/avogadrolibs · GitHub
Hello,
<<<Can you please post the avogadro2.log file, please?
I had a look at this file. It was difficult to find. A path should be given somewhere,
I am just changing my python configuration. I hope this helps. Is there anything else serious that I overlooked?
<<<<<Is ORCA supported?
<<You should install Python for the ORCA input generator.
Several versions were installed: 2.7; 3.6 and 3.12 but nor found.
<<<<Is it not possible to download the 1.98 or 1.97 version?
<<Sure, they’re available on Releases · OpenChemistry/avogadrolibs · GitHub
I found this site too, but there are only descriptions of the versions with links which all point to the newest version!!
Sincerely
Thommy7571
avogadro2.log (132 KB)
Under each version’s release notes, click on “Assets” to show the available downloads, then click the one ending in .exe to download the Windows installer.
In any case, you can get 1.98.1 from here and 1.97 from here.
Hallo, was mich betrifft, hat sich das Problem erst einmal weitgehend erledigt. Die alte Version läuft zwar nicht stabil aber ein wichtiges Problem hat sich geklärt: Ich wusste nicht, dass ein nicht optimiertes Molekül nicht korrekt gespeichert wird und dachte, es wäre ein Bug, dass beim Neuladen nur Einzelatome da waren. Da es aber sicherlich gut wäre, wenn die neue Version läuft, anbei die log-Datei. Ich vermute, es hängt mit Python zusammen. Allerdings habe ich Anaconda und mehrere Python-Versionen installiert, so dass das Problem eher bei Avogadro diesbezüglich liegen sollte - oder seiner Kommunikation mit dem User.
Anbei die log-Datei nach mmeinen neueste Versuchen, es zum Laufen zu bringen.
Thommy7571
avogadro2.log (158.1 KB)
Would you be willing to try another recent nightly build? They provide more detail to the avogadro2.log file.
https://two.avogadro.cc/install/
My German is pretty rusty, but it sounds like you were able to use 1.98 to some degree? This would be helpful to know, since it means the issue was created between 1.98 → 1.99.
I don’t think it has to do with Python - because I have tried on other Windows without Python and it as worked. Hopefully with a few users we can track the problem. I am also looking back at the various “Crash Catcher” codes to get more information when this happens.
Thank you
Hello,
I think you misunderstood something. The old version that I use is version 1.2.0. The versions 1.98 and 1.99 do not show up.
I could not find a log file.
I could not find the link to versions between 1.90 to 1.98 to test them.
Version 1.90 works, but cannot open the x-y-z files obtained with version 1.2.
Is this normal??
Thommy7571
Okay, here’s a quick list of previous versions (via GitHub):
No idea why 1.90 wouldn’t open XYZ files, but I also wouldn’t use 1.90.
I had one idea that it might be some code that attempts to get anti-aliasing and some other features from the 3D graphics. If so, 1.94 should crash but 1.91 would work.
I’m also spinning up a new build to test this idea.
Also for what it’s worth, I’m tracking on this issue: Avogadro 1.99.0 does not run on Windows 10 · Issue #1838 · OpenChemistry/avogadrolibs · GitHub
Hi @Thommy7571,
es ist etwas schwierig zu verstehen, was genau deine Probleme waren und noch sind. Es scheinen ja mehrere zu sein. Wir würden die Probleme natürlich sehr gerne erheben, auch für die anderen Benutzer, die von ähnlichen Problemen berichten, aber dafür müssen wir eine bessere Idee haben, was gerade schiefgeht. Zur Klärung würde ich also gerne bei einem paar Stellen genauerer nachfragen.
Ursprünglich hast du berichtet, dass Avogadro 1.99.0 unter Windows 10 22H2 nicht läuft.
22H2 gibt es schon lange. Kannst du uns bitte sagen, was die Build-Nummer bei dir ist? Aktuell wäre 10.0.19045.5198. Ist wahrscheinlich unwichtig, aber vielleicht ist etwas an Windows geändert.
Damit meinst du also, dass du Avogadro erfolgreich installieren konnten, richtig? Dass der Installer ohne Fehlermeldung alles erfolgreich zu Ende fĂĽhrt?
…dass aber jeder Versuch, das Programm zu starten, scheitert? Oder dass nach dem Installieren du keinen Link oder Shortcut für Avogadro finden kannst? Wie startest du dann genau das Programm? Passiert wirklich gar nichts?
Du berichtest auch, dass das Verhalten vom Nightly-Build gleich ist. Genau gleich?
Ist das, das erste Mal, dass du Avogadro verwendest? Wenn nicht, konntest du in der Vergangenheit Avogadro nutzen? Ist das Problem (nicht starten) erst mit dem Download von v1.99 aufgetaucht?
Um zu prüfen: Du hast kein ARM Gerät oder?
Ich fĂĽrchte etwas, dass wir hier angefangen haben, mehrere einzelne Probleme durchzumischen. Was fĂĽr UnterstĂĽtzung von ORCA hast du dann eigentlich erwartet? Und was fehlt dir?
Wie @ghutchis erwähnt hat, ist die Erstellung von ORCA Input-Dateien mit Avogadro abhängig von Python – genauer gesagt, ein Python-Interpreter muss für Avogadro findbar und ausführbar sein (was nicht unbedingt das Gleiche ist).
Avogadro kann aber mit ORCA Output-Dateien arbeiten, ohne Python zu benötigen. Du kannst die direkt öffnen und die optimierte/endliche Geometrie und manche berechnete Eigenschaften werdet dir im Programm angezeigt.
Eine direkte Verbindung mit ORCA im Sinne von Kommunikation zwischen den Programmen gibt es nicht.
Hier bin ich etwas lost geworden. Welches Problem hat sich erledigt? Dass du Avogadro nicht ausfĂĽhren konntest?
Oder meinst du das:
Denn das wäre doch ein Bug, wie ich dich verstehe. Ob ein Molekül optimiert ist oder nicht soll keinen Unterschied machen beim Speichern. Was meinst du damit, dass nur Einzelatome “da” sind? Dass die Bindungen weg sind? Wie speicherst du das Molekül ab? Und wie lädst du das Molekül “neu”?
Speichern und Laden von Dateien (die meisten Formate) wird entweder von Avogadros eingebauter Parser gemacht oder anhand Open Babel, nicht mit Python. Laut deiner Log war Open Babel aber ohne Problem zu finden. Das Programm soll also in der Lage sein, alles zu machen was es soll.
Mit welcher Version von Avogadro taucht dann dieses Problem auf? Das ist wichtig zu wissen. Es wäre auch gut, wenn du die problematische Datei hochlädst.
Wie gesagt, vom GitHub Releases Page kann man alle Versionen seit 1.94 herunterladen. Die fĂĽr Windows enden immer mit win64.exe z.B. Avogadro2-1.94.0-win64.exe, Avogadro2-1.97.0-win64.exe usw.
XYZ Dateien sind ziemlich einfach, ist weder normal noch zu erwarten. Kannst du bitte ein Beispiel hochladen?
Danke dafĂĽr. Leider ist in der Log nichts erleuchtendes zu sehen. Ich glaube nicht, dass es hier um Python handelt, es ist schon ein interessanterer Bug als das 
Nochmal, um Missverständnis zu vermeiden – welches Problem löst dann v1.2 für dich?
Da v1.2 keine Log-Datei erstellt, wĂĽrde ich gerne noch wissen, genau wie und von welcher Version von Avogadro stammt diese Log?
Vielleicht kommen die Fragen etwas dumm vor, aber die helfen uns das ganze zu verstehen. Danke!
I certainly talk to the ORCA developers and they like Avogadro. They have contributed code in the past and are currently evaluating the best way to contribute to Avogadro2.
But this should definitely be a separate topic. Let’s retain this for “what is the problem on Win 10”
By that I meant a direct interface between the two programs themselves i.e. Avogadro can’t run ORCA for you. I know that there is cooperation between the teams
I’m hoping just to gauge expectations, exactly what level of ORCA support is being looked for, since some things are built-in, some require Python, and some things aren’t in scope. I would consider the answer to “Does Avogadro support ORCA?” to be a whole-hearted yes – it’s surely the best supported QM program now? – but it doesn’t work with ORCA the way that GaussView works with Gaussian.